Normaliter borrelt er in de oostelijke Pacific koud oppervlakte water naar de oppervlakte. Dit heeft een verkoelende werking heeft op het klimaat. Tijdens La Nina is dit effect nog sterker. De opgevangen warmte verdwijnt elders naar de diepzee. Maar bij El Nino valt die circulatie stil en is het verkoelende effect weg.
Zo zou het moeten zijn maar ook een toename in zonneschijn en waterdamp kan de energiebalans veranderen. De trend in 'Ocean heat content' zou het spiegelbeeld van ENSO moeten tonen maar dat is niet helemaal het geval.